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세무학연구 | 중소기업협동조합의 조세 및 준조세 부담의 분석

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발행일 : 2021년 6월 30일
제 38권 2호
저자 : 전병욱, 강대권

본 연구는 최근까지 시행된 종전 과세방식을 바탕으로 개별 세법의 개정을 통한 중소기업협동조합에 대한 대안적 과세체계의 개편과 함께 중소기업협동조합에 중소기업의 지위를 인정하는 개정 과세체계의 시행효과에 대해 분석함으로써 중소기업협동조합이 장기적이고 안정적으로 세금부담을 경감시킬 수 있는 추가적 제도개편방안의 필요성에 대해 분석하였다.

먼저, 2021.4.21.부터 개정 중소기업기본법령이 시행되기 전인 종전 과세방식에서 비교대상인 법인세법상 조합법인 등 및 기타 조합에 대한 조특법상 조세혜택은 최근 5년간(20162020) 47,452억원인 반면 중소기업협동조합이 당기순이익 과세를 통해 제공받는 조세혜택은 2017년을 기준으로 42,420만원에 불과해서 매우 작은 것으로 나타났고, 이러한 측면은 지특법상 조세혜택의 경우도 마찬가지이다. 따라서, 개별 조합 및 연합회에 대한 국세 및 지방세의 조세지출의 확대를 통해 다른 조합법인 등과의 상대적 차이를 축소시켜서 조세부담의 형평성을 제고할 필요성이 있다.

다음으로, 국세 및 지방세 부담과 별개로 개별 조합 및 연합회는 개별 법령에 의한 준조세 부담도 이들 비교대상에 비해 상대적으로 과중해서 차별적 부과가 이루어지는 것으로 볼 수 있기 때문에 준조세 부담의 경감을 통해 형평성을 제고할 필요성이 있다.

마지막으로, 개정 중소기업기본법령에 의해 2021.4.21.부터 시행된 개정 과세방식의 개별 조합 및 연합회에 대한 영리법인 중 중소기업의 지위 인정을 통한 세제상 영향의 분석과 관련해서 개정 전 중소기업기본법령에서는 근거법령에서 규정한 비영리성으로 인해 전체 중소기업협동조합은 세법상 중소기업으로 구분될 수는 없었지만, 이에 반해 개정 중소기업기본법령에서는 이러한 비영리법인성이 배제됨으로써 세법상 중소기업의 구분이 가능하게 되었다.

 구체적 분석의 결과 종전 과세방식의 비영리법인의 취급 대신 개정 과세방식에서 전체 중소기업협동조합에 대한 비영리성을 배제할 경우에는 세금부담의 측면에서는 유리할 것으로 예상할 수 있다. , 개정 과세방식에서 영리법인으로 구분할 경우 당기순이익 과세와 비교한 전체 중소기업협동조합에 대한 추가적 조세혜택은 중소기업기본법령의 개정에 따른 과세체계의 개편에도 불구하고 그 자체로 충분한 규모로 보기는 어렵기 때문에 중소기업협동조합 제도의 시행취지가 충분히 실현될 수 있도록 충분한 규모의 추가적인 조세지원이 제공될 필요성이 있다.